В начале 80-х годов прошлого века началось противостояние между центральным правительством, представлявшим интересы мусульманской части населения Судана, и населением юга страны, где большинство исповедует либо христианство, либо традиционные африканские религии. Во главе восстания на юге стояло Народное движение за освобождение Судана, лидера которого Джона Гаранга в разные времена называли то марксистом, то маоистом, то националистом. Однако сам он предпочитал лавры Робин Гуда - защитника бедных и обиженных властями африканцев. Как бы там ни было, по разным данным, конфликт унес жизни от двух до четырех миллионов человек.
В ноябре 2004 года группе африканских лидеров во главе с президентом ЮАР Табо Мбеки при посреднических усилиях госдепа США удалось уговорить президента Судана и лидера повстанцев возвратиться за стол переговоров и подписать меморандум о прекращении вооруженного противостояния. Вчерашние непримиримые враги пришли к соглашению о разделе полномочий и богатых природных ресурсов страны. Кроме того, Джон Гаранг по соглашению вскоре получит пост заместителя президента Судана Умара аль-Башира.
С июля юг Судана получит на шесть лет автономный статус, а затем там будет проведен референдум по вопросу о будущем: оставаться ли частью страны или провозгласить независимость? В 1983 году правительство страны, в которое в основном входят арабы-северяне, попыталось ввести законы шариата по всему Судану, даже в тех районах, где не живут мусульмане...
Отныне в южной автономии законы шариата отменены.
Мирный договор также затрагивает распределение доходов от добычи нефти из месторождений Южного Судана (в настоящее время страна добывает около 320 тысяч баррелей "черного золота" в сутки). Для решения текущих вопросов создается специальный комитет из десяти человек, который возглавят президент Судана и лидер автономии.
Соглашение с повстанцами тем не менее не затрагивает другой кровопролитный конфликт, который не утихает в Дарфуре - западной провинции Судана. Генеральный секретарь ООН Кофи Аннан предупредил об ухудшении ситуации в Дарфуре, где проправительственные боевики обвиняются в убийстве тысяч мирных жителей. В этой связи Джон Гаранг публично пообещал международным гарантам "положить конец кровавой бойне" на западе страны, как только он войдет в правительство национального единства.