В 1995-1999 годах Геннадий Трошев был командующим 58-й армией и одновременно возглавлял Объединенную группировку войск Минобороны, затем ненадолго стал замкомандующего войсками Северо-Кавказского военного округа, после начала второй чеченской кампании руководил группировкой федеральных сил в Дагестане и группировкой "Восток" на Северном Кавказе. Получил звание Героя России и в 2000 году был назначен командующим Северо-Кавказским округом.
Тут его карьера и завершилась. В округе случился крупный скандал - так называемое дело армейских снабженцев, когда за махинации под суд пошли несколько подчиненных Трошеву тыловых начальников. Следователи копали и под самого командующего, но в конце 2002 года тогдашний министр обороны Сергей Иванов предложил генералу сменить место службы и отправиться в Читу командовать Сибирским военным округом. Тот отказался и в итоге занял декоративную должность советника президента РФ по вопросам казачества. Дмитрий Медведев, став президентом, эту должность упразднил, и в последнее время Геннадий Трошев был обычным пенсионером.
Трошев - единственный из генералов, написавший книгу мемуаров о чеченской войне. Она называется "Моя война. Записки окопного генерала". В ней он дает не очень лестные характеристики некоторым своим сослуживцам, сегодня занимающим высокие посты в Минобороны.
- Трошев был поистине народным генералом, - сказал "Труду" его близкий друг народный художник России Сергей Присекин. - Когда я писал его портрет, он находился на пике боевой славы. Это было сразу после изгнания боевиков из Дагестана. Трошев не стал гордо выпячивать грудь, а попросил изобразить его просто с гитарой в руках. Он мне рассказал, что после школы хотел учиться на архитектора, но семья жила скудно, и, чтобы не обременять ее, он подался в танковое училище. Когда его "бросили" на казачество, он, мне кажется, не расстроился. Или виду не подал. Но в любом случае он историческая фигура.