Отказать в выдаче лицензии можно только по двум основаниям: недостоверная или искаженная информация в документах, представленных заявителем на выдачу лицензии в лицензирующий орган, и - несоответствие самого соискателя лицензии либо используемого им помещения и оборудования для ведения лицензируемой деятельности - требованиям и условиям, записанным в законе или в положении о лицензировании конкретной деятельности. Например, почти во всех положениях о лицензировании в качестве лицензионного требования записано соответствие помещения, где осуществляется лицензируемая деятельность, экологическим, санитарно-эпидемиологическим, гигиеническим (для медицинской и фармацевтической деятельности) и противопожарным нормам и правилам. При отказе в выдаче лицензии сбор за рассмотрение заявления соискателю не возвращается.