Место катастрофы сразу же оцепили полиция и спасатели. Уже в первые часы поисковой операции были обнаружены оба "черных ящика" упавшего самолета. Расшифровка самописцев сыграет ключевую роль в расследовании, так как должна пролить свет на обстоятельства этой трагедии, в которой слишком много загадок.
До настоящего времени так и не появилось внятной версии о причинах происшествия. Самый главный вопрос - почему прервалась связь и экипаж не отвечал на вызовы диспетчеров? Согласно основной гипотезе, которую выдвинули следователи, в полете произошла резкая разгерметизация салона. На большой высоте это якобы привело к моментальному снижению температуры до минус 50 градусов и полному оттоку кислорода, вследствие чего пилоты потеряли сознание.
Эту версию вроде бы должны были подтвердить пилоты греческих истребителей. Действительно, они показали, что видели и в салоне, и в кабине экипажа опущенные кислородные маски. Неужели летчики просто не успели воспользоваться ими? По утверждению специалистов, современные пассажирские самолеты такого класса оборудованы самой передовой аппаратурой предупреждения, исключающей такую внезапность. "Мгновенная" разгерметизация невозможна при отсутствии заметных внешних повреждений, а их пилоты "F-16" не заметили. Кроме того, один из пассажиров даже успел отправить с мобильного телефона сообщение, в котором сообщил, что в салоне очень холодно, один из пилотов мертв, а другой без сознания.
Таким образом, если разгерметизация произошла, то она явно не была внезапной и приведшей к потере сознания у всех, кто находился на борту злополучного рейса. Греческие истребители сообщили еще одну деталь. В ходе облета "Боинга" они видели двух человек в кабине пилотов, пытавшихся взять на себя управление самолетом. Это подтвердил и официальный представитель правительства Греции Теодорас Русопулос. Кто были эти люди и почему они не потеряли сознание вместе со всеми? Если это были террористы, то почему власти не дали приказ сбить самолет, приближавшийся к греческой столице? Вместе с тем уже есть очевидцы, утверждающие, что видели взрыв "Боинга" в воздухе. Большая площадь разлета обломков самолета может служить тому подтверждением. Власти тем не менее отказываются признать, что сбили лайнер и вообще не спешат с заявлениями о причинах происшедшего до окончания расследования.
Авиакатастрофа унесла жизни 121 человека, большинство из которых были гражданами Кипра. В настоящее время списки находившихся на борту засекречены. Не признавая версию о теракте, официальные лица в то же время и не исключают ее. На месте катастрофы наряду с полицейскими и спасателями трудятся сотрудники греческих спецслужб.