В 1999 году Сотомайора уже дисквалифицировали за употребление допинга: на контроле после победы на Панамериканских играх в Виннипеге (Канада) в его допинг-пробах нашли кокаин. Но тогда совет ИААФ сократил срок наказания с двух лет до года. Это позволило кубинцу выступить на Сиднейской Олимпиаде-2000, где он завоевал серебряную медаль. Позже Сотомайор, имея "положительный" анализ первой допинг-пробы, выступил на чемпионате мира в канадском Эдмонтоне в августе, где занял 4-е место. Но сам спортсмен объявил, что чемпионат мира был последним соревнованием в его спортивной карьере.