Острова, на котором обитатели Нью-Йоркского зоопарка так много претерпели (благодаря чему первая картина собрала около полумиллиарда долларов), в фильме не будет: бегемотиха, жираф, лев, зебра и пингвины сбежали оттуда на самодельном самолете, но тот не выдержал перегрузок и развалился над Африкой. Идея крушения летательного аппарата возникла у создателей фильма во время полета на европейскую премьеру "Мадагаскара", и это свидетельствует о том, что нервы у них стальные.
Героям фильма также неоднократно придется проверить свои нервы на прочность: и засуха будет, и злые люди, у которых пингвины (существа прекрасные и самодостаточные) угонят несколько джипов, и болезни, но основным испытанием для них все-таки станет встреча с представителями своего вида. А зебра Марти обнаружит, что трюки, казавшиеся ему уникальными, легко повторяют остальные зебры, плюс ко всему и похожие на него как две капли воды. Бегемотиха Глория своими рассказами о Манхэттене привлечет внимание местного красавца Мото-Мото. Жираф Мелман станет шаманом, спасающим жирафов и жирафят от спуска в умиральные ямы. А лев Алекс обнаружит свой прайд, встретит маму и папу, из-за невнимательности которых его когда-то похитили охотники, вдоволь натискает тряпочку, с которой играл в детстве и называл фуфиком, и будет вынужден участвовать в обряде инициации, без которого его в прайд не примут.
Поначалу его и не примут. Алекс будет вести себя не как лев как таковой, а как лев зоопарковый, нью-йоркский, чужой: начнет, например, танцевать, вместо того чтобы драться, и прайд его не поймет. И Глория не растает от комплиментов Мото-Мото, которые покорили бы любую бегемотиху саванны - она будет снова и снова интересоваться: "А еще почему я тебе понравилась?", а бегемот продолжит недоуменно мямлить: "Ты пухлявая", "Ты кубышечка", "Девушка, тебя так много..." В отличие от ограбленных пингвинами людей, которые встретятся в джунглях и радостно кинутся друг к другу, у нью-йоркских зверей сперва не сработает опознавательный знак "я выгляжу так же, как ты, поэтому я свой" - главным станет прошлое, то, что они вместе пережили, общий, так сказать, культурный контекст: Мелману все-таки гораздо легче выдать Глории тот словесный набор, который она хочет, чем бедняге Мото-Мото.
Так или иначе, четверка продолжит внедрять принципы цивилизации в умы аборигенов, окончательно делая из них своих и следуя принципу мультяшной бабки-герлскаута: "Природа либо подавит тебя, либо подавится тобой".