Премьер-министр РФ Дмитрий Медведев распорядился создать межведомственную рабочую группу по вопросам, связанным с исследованием и перезахоронением останков детей императора Николая II - цесаревича Алексея и великой княжны Марии.
Согласно подписанному распоряжению, в состав рабочей группы включены руководители, заместители руководителей профильных министерств и ведомств, ответственные работники федеральных органов исполнительной власти и аппарата правительства России, представители правительства Санкт-Петербурга, общественных и религиозных организаций.
Руководителем межведомственной рабочей группы назначен вице-премьер, руководитель аппарата правительства Сергей Приходько.
В июле 1991 года на Старой Коптяковской дороге близ Екатеринбурга благодаря разысканиям Гелия Рядова и Николая Авдонина было вскрыто захоронение, в котором находились останки девяти человек. Они принадлежали членам царской семьи - Николаю II, его супруге Александре Федоровне, их дочерям - 22-летней Ольге, 21-летней Татьяне, 17-летней Анастасии, а также лицам из их окружения - 53-летнему Евгению Боткину, 40-летней Анне Демидовой, 62-летнему Алоизию Труппу и 48-летнему Ивану Харитонову. Члены императорской семьи 18 июля 1998 года были захоронены в усыпальнице Петропавловского собора Санкт-Петербурга. Русская Православная Церковь в этот период по непонятным причинам уклонилась от участия в захоронении останков царской семьи.
29 июля 2007 года при проведении археологических раскопок в 70 км к югу от места первого захоронения были найдены останки еще двух человек. Многочисленные экспертизы подтвердили , что останки принадлежат цесаревичу Алексею и его сестре Марии. Останки не захоронены. В Русской Церкви по поводу сделанной находки иерархи так и не определились. Но в состав комиссии делегировали председателя Синодального отдела по взаимодействию с общественностью (ОВЦО) протоиерея Всеволода Чаплина.
СКР в январе 2011 года завершил расследование уголовного дела о гибели семьи Николая II, признав останки, найденные под Екатеринбургом, подлинными. В марте 2015 года директор Госархива РФ Сергей Мироненко заявил о необходимости захоронить останки цесаревича Алексея и великой княжны Марии. При этом он выразил уверенность в подлинности как останков императорской семьи, которые захоронены в Петропавловском соборе, так и останков Алексея и Марии. В настоящее время останки цесаревича Алексея и великой княжны Марии хранятся в Госархиве РФ.
