4 èþëÿ 1941-ãî â áóõòå Ñåâàñòîïîëÿ áûëà îáíàðóæåíà íåðàçîðâàâøàÿñÿ ìèíà, è åå ñ îãðîìíûì ðèñêîì äëÿ æèçíè, íåñìîòðÿ íà ìíîãî÷èñëåííûå ëîâóøêè, ðàçîðóæèë ôëîòñêèé ìèíåð Ìèõàèë Èâàíîâ. Îêàçàëîñü, íåìöû ïðèìåíèëè íîâîå îðóæèå - ìàãíèòíóþ ìèíó.
È õîòÿ ðàáîòà ïî ïðîòèâîìèííîé çàùèòå êîðàáëåé â Ñîâåòñêîì Ñîþçå áûëà íà÷àòà åùå â 1935 ãîäó, ïðîòèâ ýòèõ ãèòëåðîâñêèõ íîâèíîê ìû îêàçàëèñü áåññèëüíû. Âñå ëó÷øèå îòå÷åñòâåííûå ñïåöèàëèñòû áûëè ñîñðåäîòî÷åíû â ëàáîðàòîðèè Ëåíèíãðàäñêîãî ôèçòåõà, êîòîðîé ðóêîâîäèë ïðîôåññîð Àëåêñàíäðîâ. Åãî ñîñåäîì è ðóêîâîäèòåëåì ëàáîðàòîðèè ÿäåðíûõ ðåàêöèé áûë Êóð÷àòîâ. Ñ íà÷àëîì âîéíû îí íàïèñàë çàÿâëåíèå äèðåêòîðó ËÔÒÈ àêàäåìèêó Èîôôå ñ ïðîñüáîé îòïóñòèòü åãî íà ôðîíò â îïîë÷åíèå. ×òîáû ýôôåêòèâíåå èñïîëüçîâàòü òàëàíò ó÷åíîãî è ó÷èòûâàÿ åãî ãîðÿ÷åå æåëàíèå çàùèùàòü Ðîäèíó, Èîôôå ðåêîìåíäîâàë 38-ëåòíåìó ïðîôåññîðó Êóð÷àòîâó âìåñòå ñ Àíàòîëèåì Àëåêñàíäðîâûì çàíÿòüñÿ ïðîáëåìîé ïðîòèâîìèííîé çàùèòû êîðàáëåé. Ïîñëå îçíàêîìëåíèÿ â Êðîíøòàäòå ñ ñîñòîÿíèåì äåë Àëåêñàíäðîâ ñ Êóð÷àòîâûì óæå êàê íàó÷íûå êîíñóëüòàíòû ÂÌÔ 9 àâãóñòà 1941-ãî ïðèëåòåëè â Ñåâàñòîïîëü, ãäå ãðóïïà ó÷åíûõ ËÔÒÈ è âîåííûõ ìîðÿêîâ âíåäðÿëà ïðèíÿòûé ãîñêîìèññèåé ìåòîä Àëåêñàíäðîâà ïî ðàçìàãíè÷èâàíèþ ñóäîâ. ×åðåç òðè íåäåëè Àëåêñàíäðîâ óëåòåë íà Ñåâåð, ÷òîáû îðãàíèçîâàòü ðàáîòó òàì, à Êóð÷àòîâ âîçãëàâèë îáîðóäîâàíèå êîðàáëåé ñðåäñòâàìè ïðîòèâîìèííîé çàùèòû íà ×åðíîì ìîðå.
Íîâûå èññëåäîâàòåëüñêèå ðàáîòû ïðîõîäèëè â áîåâûõ óñëîâèÿõ ïîä áîìáåæêàìè, íå õâàòàëî ìàòåðèàëîâ è îáîðóäîâàíèÿ. Íè îäèí êîðàáëü íå óõîäèë â ìîðå áåç ðàçìàãíè÷èâàíèÿ. Àíãëèéñêèå èíæåíåðû ôëîòà, ïðèëåòåâøèå â Ñåâàñòîïîëü äëÿ îáìåíà îïûòîì, ïðèçíàëè ïîëíûé óñïåõ ðàçðàáîòàííîãî â ËÔÒÈ ìåòîäà. À ó îñòðûõ íà ÿçûê ìîðÿêîâ ïîÿâèëîñü ïðèñëîâüå: "Ïåðåä òåì êàê â áîé èäòè, ïîáûâàé ó Ýë Ýô Òè".
Óæå â êîíöå àâãóñòà íîâàÿ ìåòîäèêà ðàçìàãíè÷èâàíèÿ ïîäëîäîê áûëà îòðàáîòàíà ãðóïïîé Êóð÷àòîâà è ïîëó÷èëà øèðîêîå ðàñïðîñòðàíåíèå ñíà÷àëà íà ×åðíîìîðñêîì, à ïîòîì è íà âñåõ îñòàëüíûõ ôëîòàõ.
Ê íà÷àëó íîÿáðÿ 1941-ãî, êîãäà ôàøèñòû îñàäèëè Ñåâàñòîïîëü, çíà÷èâøèéñÿ ïî âîèíñêîìó ó÷åòó êàê "ðÿäîâîé çàïàñà ïåðâîé î÷åðåäè ýëåêòðîòåõíè÷åñêèõ âîéñê" ïðîôåññîð Êóð÷àòîâ çàêîí÷èë ðàáîòû. 6 íîÿáðÿ îí ýâàêóèðîâàëñÿ íà Êàâêàç íà ïëàâáàçå ïîäëîäîê ×Ô "Âîëãà".
Ñóäíî ñîâåðøèëî îïàñíûé ïåðåõîä. Áîìáåæêè äíåì è âå÷åðîì 2 íîÿáðÿ, êîãäà òåïëîõîä ãðóçèëñÿ â Ñåâåðíîé áóõòå è óõîäèë â ìîðå, âå÷åðîì 3 íîÿáðÿ íåìåöêàÿ ïîäëîäêà ïîïûòàëàñü òîðïåäèðîâàòü ñóäíî. Âñå äíè ïóòè ðàöèÿ "Âîëãè" ìîë÷àëà, ÷òîáû íå âûäàòü âðàãó ñâîå ìåñòî.  Ñåâàñòîïîëå îïàñàëèñü, ÷òî ïëàâáàçà ïîãèáëà ïîäîáíî íåñêîëüêèì äðóãèì òåïëîõîäàì, ïûòàâøèìñÿ ñîâåðøèòü ïåðåõîä. Íî íà ýòîò ðàç âñå îáîøëîñü. 7 íîÿáðÿ ãðóïïà Êóð÷àòîâà â ïîðòó Ïîòè âûãðóçèëà èç òðþìà àïïàðàòóðó è ðàçìåñòèëàñü â ãîñòèíèöå "Êîëõèäà", òóò æå ïðîçâàííóþ Èãîðåì Âàñèëüåâè÷åì "Áëîõèäà".
Ïîñëå ïåðåõîäîâ â Ïîòè îñíîâíîé ðàáîòîé ñòàëî îáó÷åíèå îôèöåðîâ ôëîòà ïðèåìàì è ñïîñîáàì çàùèòû êîðàáëåé.
 êîíöå ãîäà ðàáîòà áûëà çàêîí÷åíà, è Èãîðü Âàñèëüåâè÷ âûåõàë â Áàêó äëÿ îêàçàíèÿ ïîìîùè â îðãàíèçàöèè ðàçìàãíè÷èâàíèÿ êîðàáëåé Êàñïèéñêîé ôëîòèëèè.  ñåðåäèíå ÿíâàðÿ 1942-ãî îí âåðíóëñÿ â èíñòèòóò, íàõîäèâøèéñÿ â ýâàêóàöèè â Êàçàíè. Ïî äîðîãå ñèëüíî ïðîñòóäèëñÿ è íà íåñêîëüêî ìåñÿöåâ ñëåã ñ êðóïîçíûì âîñïàëåíèåì ëåãêèõ.  ýòî âðåìÿ ïðèøëî èçâåñòèå î ñìåðòè ìàòåðè, íå âûäåðæàâøåé áëîêàäíîé æèçíè â Ëåíèíãðàäå.
Åäâà îïðàâèâøèñü îò áîëåçíè, Êóð÷àòîâ ïîëó÷àåò íàçíà÷åíèå çàâåäóþùèì áðîíåâîé ëàáîðàòîðèåé ËÔÒÈ â Êàçàíè. Îí îñòàâàëñÿ ïðè ýòîì ñîòðóäíèêîì ëàáîðàòîðèè Àëåêñàíäðîâà ïî ïðîòèâîìèííîé çàùèòå êîðàáëåé.  àïðåëå 1942-ãî Àíàòîëèþ Àëåêñàíäðîâó, Èãîðþ Êóð÷àòîâó, ñîòðóäíèêàì ËÔÒÈ è ãðóïïå âîåííûõ ìîðÿêîâ ïðèñâîèëè Ãîñóäàðñòâåííóþ ïðåìèþ çà ðàçðàáîòêó è âíåäðåíèå ìåòîäîâ ðàçìàãíè÷èâàíèÿ êîðàáëåé. Äî ìàðòà 1943-ãî ëàáîðàòîðèÿ Êóð÷àòîâà ðåøèëà çàäà÷ó ñîçäàíèÿ íîâîé áðîíè äëÿ òàíêîâ, çà ÷òî áûëà âûäâèíóòà íà ñîèñêàíèå åùå îäíîé Ãîñóäàðñòâåííîé ïðåìèè. Íî âìåñòî íåå ïîëó÷èë íàçíà÷åíèå ðóêîâîäèòåëåì ðàáîò ïî èñïîëüçîâàíèþ àòîìíîé ýíåðãèè.
 ôåâðàëå 1945-ãî Êóð÷àòîâ áûë ïðåäñòàâëåí ê ìåäàëè "Çà îáîðîíó Ñåâàñòîïîëÿ", êîòîðóþ ïðè æèçíè òàê è íå ïîëó÷èë.