Ýòî îäèí èç ñòàðåéøèõ ìîñêîâñêèõ ìóçååâ. Îñíîâîé åãî êîëëåêöèè ñòàëè ýêñïîíàòû ïàâèëüîíà "Ìîñêâà" Âñåðîññèéñêîé õóäîæåñòâåííî-ïðîìûøëåííîé âûñòàâêè, ïðîõîäèâøåé â Íèæíåì Íîâãîðîäå â 1896 ã., ãäå áûëè ïðîäåìîíñòðèðîâàíû äîñòèæåíèÿ â îáëàñòè ãîðîäñêîãî áëàãîóñòðîéñòâà, ïðîñâåùåíèÿ è áëàãîòâîðèòåëüíîñòè. Â òîì æå ãîäó Ìîñêîâñêàÿ ãîðîäñêàÿ Äóìà ïðèíÿëà ðåøåíèå î ñîçäàíèè íà áàçå ýòîé ýêñïîçèöèè Ìóçåÿ ìîñêîâñêîãî ãîðîäñêîãî õîçÿéñòâà, êîòîðûé áûë ðàñïîëîæåí â îäíîé èç Êðåñòîâñêèõ âîäîíàïîðíûõ áàøåí.
Åãî íàçâàíèå è ìåñòîïðåáûâàíèå çà áîëåå ÷åì 100-ëåòíþþ èñòîðèþ ìåíÿëîñü íåîäíîêðàòíî. Ñ 1921 ãîäà îí íàçûâàëñÿ Ìîñêîâñêèì êîììóíàëüíûì è ðàñïîëàãàëñÿ â Ñóõàðåâîé áàøíå. Ïðèíÿòûé â 1935 ãîäó ïëàí ðåêîíñòðóêöèè ñòîëèöû îêàçàë áîëüøîå âëèÿíèå íà õàðàêòåð ýêñïîçèöèè.  ýòî âðåìÿ ìóçåé áûë ïåðåìåùåí â çäàíèå öåðêâè Èîàííà Áîãîñëîâà ïîä âÿçîì, ãäå íàõîäèòñÿ äî ñèõ ïîð, à ñâîå íûíåøíåå íàçâàíèå ïîëó÷èë â 1987 ã.
 ìóçåå õðàíÿòñÿ áîãàòåéøèå ôîíäû ïëàíîâ è êàðò, ôîòîãðàôèé è äîêóìåíòîâ, ðåäêèõ êíèã è íóìèçìàòèêè, êîëëåêöèè èçîáðàçèòåëüíûõ ìàòåðèàëîâ, ôàðôîðà è áûòîâûõ ïðåäìåòîâ. À ýêñïîçèöèÿ äëÿ øèðîêîé ïóáëèêè ïðåäñòàâëÿåò ñîáîé íåñêîëüêî ïîñòîÿííûõ âûñòàâîê: "Ìîñêâà ñ äðåâíåéøèõ âðåìåí äî XVII âåêà" (âîçíèêíîâåíèå, ðàçâèòèå íàøåãî ãîðîäà è áûò ìîñêâè÷åé â Ñðåäíåâåêîâüå), "Òðàäèöèè è áûò ñòàðîé Ìîñêâû" (XIX - íà÷àëî XX ââ.), "Áåëîêàìåííûå ñòðàíèöû ïðîøëîãî" (ôðàãìåíòû àðõèòåêòóðíûõ äåòàëåé, ìîñêîâñêèé íåêðîïîëü).