В словаре фразеологизмов В.М. Мокиенко сказано: шарашка или шарашкина контора - не вызывающее доверия учреждение, предприятие, организация. Прилагательное "шарашкина" объясняется из диалектного "шарань" - шваль, голытьба, жулье. Шарашкина контора - буквально - учреждение жуликов, обманщиков. Отсюда образовано слово шарага - подозрительное место или группа людей. В сталинское время шарашкой стали неофициально называть особые конструкторские бюро и другие закрытые спецобъекты 4-го спецотделения МВД, в которых работали заключенные, имеющие научную или техническую специальность. В словаре воровского жаргона слово "шарашка" означает отдельное помещение, беспорядок, а в словаре Д.Н. Ушакова можно прочитать: шарашка - примитивное приспособление для очистки ружейных стволов от налипшего свинца, твердый предмет; палка, которой можно бить.