Ìåñòî êàòàñòðîôû ñðàçó æå îöåïèëè ïîëèöèÿ è ñïàñàòåëè. Óæå â ïåðâûå ÷àñû ïîèñêîâîé îïåðàöèè áûëè îáíàðóæåíû îáà "÷åðíûõ ÿùèêà" óïàâøåãî ñàìîëåòà. Ðàñøèôðîâêà ñàìîïèñöåâ ñûãðàåò êëþ÷åâóþ ðîëü â ðàññëåäîâàíèè, òàê êàê äîëæíà ïðîëèòü ñâåò íà îáñòîÿòåëüñòâà ýòîé òðàãåäèè, â êîòîðîé ñëèøêîì ìíîãî çàãàäîê.
Äî íàñòîÿùåãî âðåìåíè òàê è íå ïîÿâèëîñü âíÿòíîé âåðñèè î ïðè÷èíàõ ïðîèñøåñòâèÿ. Ñàìûé ãëàâíûé âîïðîñ - ïî÷åìó ïðåðâàëàñü ñâÿçü è ýêèïàæ íå îòâå÷àë íà âûçîâû äèñïåò÷åðîâ? Ñîãëàñíî îñíîâíîé ãèïîòåçå, êîòîðóþ âûäâèíóëè ñëåäîâàòåëè, â ïîëåòå ïðîèçîøëà ðåçêàÿ ðàçãåðìåòèçàöèÿ ñàëîíà. Íà áîëüøîé âûñîòå ýòî ÿêîáû ïðèâåëî ê ìîìåíòàëüíîìó ñíèæåíèþ òåìïåðàòóðû äî ìèíóñ 50 ãðàäóñîâ è ïîëíîìó îòòîêó êèñëîðîäà, âñëåäñòâèå ÷åãî ïèëîòû ïîòåðÿëè ñîçíàíèå.
Ýòó âåðñèþ âðîäå áû äîëæíû áûëè ïîäòâåðäèòü ïèëîòû ãðå÷åñêèõ èñòðåáèòåëåé. Äåéñòâèòåëüíî, îíè ïîêàçàëè, ÷òî âèäåëè è â ñàëîíå, è â êàáèíå ýêèïàæà îïóùåííûå êèñëîðîäíûå ìàñêè. Íåóæåëè ëåò÷èêè ïðîñòî íå óñïåëè âîñïîëüçîâàòüñÿ èìè? Ïî óòâåðæäåíèþ ñïåöèàëèñòîâ, ñîâðåìåííûå ïàññàæèðñêèå ñàìîëåòû òàêîãî êëàññà îáîðóäîâàíû ñàìîé ïåðåäîâîé àïïàðàòóðîé ïðåäóïðåæäåíèÿ, èñêëþ÷àþùåé òàêóþ âíåçàïíîñòü. "Ìãíîâåííàÿ" ðàçãåðìåòèçàöèÿ íåâîçìîæíà ïðè îòñóòñòâèè çàìåòíûõ âíåøíèõ ïîâðåæäåíèé, à èõ ïèëîòû "F-16" íå çàìåòèëè. Êðîìå òîãî, îäèí èç ïàññàæèðîâ äàæå óñïåë îòïðàâèòü ñ ìîáèëüíîãî òåëåôîíà ñîîáùåíèå, â êîòîðîì ñîîáùèë, ÷òî â ñàëîíå î÷åíü õîëîäíî, îäèí èç ïèëîòîâ ìåðòâ, à äðóãîé áåç ñîçíàíèÿ.
Òàêèì îáðàçîì, åñëè ðàçãåðìåòèçàöèÿ ïðîèçîøëà, òî îíà ÿâíî íå áûëà âíåçàïíîé è ïðèâåäøåé ê ïîòåðå ñîçíàíèÿ ó âñåõ, êòî íàõîäèëñÿ íà áîðòó çëîïîëó÷íîãî ðåéñà. Ãðå÷åñêèå èñòðåáèòåëè ñîîáùèëè åùå îäíó äåòàëü.  õîäå îáëåòà "Áîèíãà" îíè âèäåëè äâóõ ÷åëîâåê â êàáèíå ïèëîòîâ, ïûòàâøèõñÿ âçÿòü íà ñåáÿ óïðàâëåíèå ñàìîëåòîì. Ýòî ïîäòâåðäèë è îôèöèàëüíûé ïðåäñòàâèòåëü ïðàâèòåëüñòâà Ãðåöèè Òåîäîðàñ Ðóñîïóëîñ. Êòî áûëè ýòè ëþäè è ïî÷åìó îíè íå ïîòåðÿëè ñîçíàíèå âìåñòå ñî âñåìè? Åñëè ýòî áûëè òåððîðèñòû, òî ïî÷åìó âëàñòè íå äàëè ïðèêàç ñáèòü ñàìîëåò, ïðèáëèæàâøèéñÿ ê ãðå÷åñêîé ñòîëèöå? Âìåñòå ñ òåì óæå åñòü î÷åâèäöû, óòâåðæäàþùèå, ÷òî âèäåëè âçðûâ "Áîèíãà" â âîçäóõå. Áîëüøàÿ ïëîùàäü ðàçëåòà îáëîìêîâ ñàìîëåòà ìîæåò ñëóæèòü òîìó ïîäòâåðæäåíèåì. Âëàñòè òåì íå ìåíåå îòêàçûâàþòñÿ ïðèçíàòü, ÷òî ñáèëè ëàéíåð è âîîáùå íå ñïåøàò ñ çàÿâëåíèÿìè î ïðè÷èíàõ ïðîèñøåäøåãî äî îêîí÷àíèÿ ðàññëåäîâàíèÿ.
Àâèàêàòàñòðîôà óíåñëà æèçíè 121 ÷åëîâåêà, áîëüøèíñòâî èç êîòîðûõ áûëè ãðàæäàíàìè Êèïðà.  íàñòîÿùåå âðåìÿ ñïèñêè íàõîäèâøèõñÿ íà áîðòó çàñåêðå÷åíû. Íå ïðèçíàâàÿ âåðñèþ î òåðàêòå, îôèöèàëüíûå ëèöà â òî æå âðåìÿ è íå èñêëþ÷àþò åå. Íà ìåñòå êàòàñòðîôû íàðÿäó ñ ïîëèöåéñêèìè è ñïàñàòåëÿìè òðóäÿòñÿ ñîòðóäíèêè ãðå÷åñêèõ ñïåöñëóæá.