Ðàññëåäîâàíèå ýòîãî ïðåñòóïëåíèÿ âåäåò Ñëåäñòâåííûé êîìèòåò ïðè ïðîêóðàòóðå (ÑÊÏ) Ðîññèè. Åñëè ó÷åñòü, ÷òî â ñàìîì ÑÊÏ ïîêà åùå íå îïðåäåëèëèñü äàæå ñ ìîòèâàìè ïðåñòóïëåíèÿ, òî îñòàëîñü íåÿñíûì, ÷òî ìèíèñòð èìåë â âèäó, êîãäà ãîâîðèë î åãî ðàñêðûòèè.
Ïî äàííîìó äåëó óæå íåîäíîêðàòíî ïðîâîäèëèñü çàäåðæàíèÿ, íî îáâèíåíèå íèêîìó ïðåäúÿâëåíî íå áûëî. Ñíà÷àëà ïîäîçðåíèå ïàëî íà äâóõ ïèòåðñêèõ àíàðõèñòîâ - Àíäðåÿ Êàëåíîâà è Äåíèñà Çåëåíþêà. Âìåñòå ñ íèìè áûë çàäåðæàí 25-ëåòíèé óðîæåíåö ×å÷íè Õàñàí Äèäèãîâ. Îäíàêî àíàðõèñòîâ â èòîãå âûïóñòèëè, à ÷å÷åíöà ïîñàäèëè çà ãðàáåæ.
 îêòÿáðå íà 30 ñóòîê ïî ïîäîçðåíèþ â òåðàêòå çàäåðæàëè èíãóøåé-ñòðîèòåëåé, áðàòüåâ Àìèðõàíà è Ìàêàøàðèïà Õèçðèåâûõ. Äî îêîí÷àíèÿ ýòîãî ñðîêà îñòàåòñÿ íåäåëÿ, íî îáâèíåíèå áðàòüÿì, ïî ñëîâàì èõ àäâîêàòà Ìóðàäà Þíóñîâà, òàêæå íå ïðåäúÿâëåíî. "Âî âñÿêîì ñëó÷àå, ïðè ìíå ýòîãî íå äåëàëè",- óòî÷íèë àäâîêàò.
Âïðî÷åì, ó îïåðàòèâíî-ñëåäñòâåííîé ãðóïïû åñòü è äðóãèå ïîäîçðåâàåìûå. Ðå÷ü èäåò î íàöèñòàõ èç îðãàíèçàöèè "Ñëàâÿíñêàÿ îáùèíà" - Àëåêñàíäðå Âîðîíîâå, Òàðàñå Ìóçàëåâå è Àëåêñàíäðå Èñàåâå. 13 îêòÿáðÿ íà àíòèôàøèñòñêîé òóñîâêå â ïåòåðáóðãñêîì Roks Club âî âðåìÿ âûñòóïëåíèÿ øâåäñêîé ðîê-ãðóïïû îíè áðîñèëè íà ñöåíó êëóáà ñàìîäåëüíóþ áîìáó, íà÷èíåííóþ ãâîçäÿìè. Áîìáà çàäûìèëàñü, íî, ê ñ÷àñòüþ, íå ñðàáîòàëà. Íàöèîíàëèñòîâ çàäåðæàëè, à ïîòîì è àðåñòîâàëè. Ïî çàêëþ÷åíèþ ýêñïåðòîâ, íåâçîðâàâøàÿñÿ â êëóáå áîìáà ïî ñâîåìó óñòðîéñòâó è êîìïîíåíòàì àíàëîãè÷íà òîé, ÷òî ñðàáîòàëà ïîä "Íåâñêèì ýêñïðåññîì". Îäíàêî ïðÿìûõ óëèê ïðîòèâ Âîðîíîâà, Ìóçàëåâà è Èñàåâà â èõ ïðè÷àñòíîñòè ê òåðàêòó íà æåëåçíîäîðîæíîé âåòêå, ãäå ðàíåíèÿ ïîëó÷èëè 60 ïàññàæèðîâ, ïîêà ÷òî íå îáíàðóæåíî.