Äåéñòâèÿ ôåäåðàëîâ, êàê "Òðóä" óæå îá ýòîì ïèñàë, ïîëó÷èëè øèðîêóþ è âåñüìà ñêàíäàëüíóþ èçâåñòíîñòü. Ãëàâû àäìèíèñòðàöèé óêàçàííûõ íàñåëåííûõ ïóíêòîâ â çíàê ïðîòåñòà ïîäàëè â îòñòàâêó, à áåæåíöû, ðàçìåñòèâøèåñÿ áûëî â òðåõ ëàãåðÿõ äëÿ ïåðåìåùåííûõ ëèö, âíîâü âîçâðàòèëèñü â Èíãóøåòèþ. Ðóêîâîäñòâî ×å÷íè â ðåçêîé ôîðìå ïîòðåáîâàëî îò ôåäåðàëüíîãî öåíòðà òùàòåëüíîãî ðàññëåäîâàíèÿ ñëó÷èâøåãîñÿ.
Ïåðâîíà÷àëüíî îöåíêà äåéñòâèé ïîä÷èíåííûõ èñïîëíÿþùèì îáÿçàííîñòè êîìàíäóþùåãî îáúåäèíåííîé ãðóïïèðîâêîé ãåíåðàëîì Âëàäèìèðîì Ìîëòåíñêèì áûëà êðàéíå ñóðîâîé.  õîäå çà÷èñòîê, çàÿâëÿë îí, ôåäåðàëû ÿêîáû "ñîâåðøèëè áåñïðåäåë - êàê Ìàìàé ïðîøåë".
Ïîñëå ïðîâåäåííîãî ðàññëåäîâàíèÿ ìíåíèå ãåíåðàëà èçìåíèëîñü ðàäèêàëüíî. Ó ïðàâîîõðàíèòåëüíûõ îðãàíîâ, ñêàçàë îí ñðàçó ïîñëå ñîâåùàíèÿ â ïðàâèòåëüñòâå, íåò îñíîâàíèÿ ñ÷èòàòü äåéñòâèÿ âîåííûõ â õîäå ñïåöîïåðàöèé ïðåñòóïëåíèåì - "èìåëè ìåñòî îòäåëüíûå íàðóøåíèÿ ïîðÿäêà è ïðàâèë ïðîâåäåíèÿ ñïåöîïåðàöèé". Áîëåå òîãî, è.î. êîìàíäóþùåãî ïîä÷åðêíóë, ÷òî "â õîäå ïðîâåðêè ïàñïîðòíîãî ðåæèìà â íàñåëåííûõ ïóíêòàõ Àññèíîâñêàÿ è Ñåðíîâîäñê "áûëî îêàçàíî ñîïðîòèâëåíèå â îòäåëüíûõ ñëó÷àÿõ", ÷òî "äîïóñêàåò ïðèìåíåíèå àäåêâàòíûõ ìåð".
 ÷àñòíîñòè, îí ðàñêðûë ïîäðîáíîñòè ãëàâíîãî ñåðüåçíîãî íàðóøåíèÿ, äîïóùåííîãî ôåäåðàëàìè, - àêöèè â øêîëå. Ïî åãî ñëîâàì, äèðåêòîð øêîëû è åùå äâîå ÷å÷åíöåâ çàïåðëèñü â êàáèíåòå è íå îòêðûâàëè äâåðü âîåííûì. Ïðèøëîñü ïðèìåíèòü ñèëó. Êîãäà äâåðü áûëà âçëîìàíà (ïðè ýòîì ðàçáèòî íåñêîëüêî ñòåêîë), "ïðîâåðÿþùèå îáíàðóæèëè â êàáèíåòå äèðåêòîðà âàõõàáèòñêîå çíàìÿ è êíèãó ïàìÿòè "ïîãèáøèõ çà È÷êåðèþ". È âîçíèêàåò ðåçîííûé âîïðîñ: ÷åìó ÷å÷åíñêèé ïåäàãîã ó÷èë øêîëüíèêîâ?
Âñåãî â ïðàâîîõðàíèòåëüíûå îðãàíû ïîñòóïèëî 375 æàëîá îò íàñåëåíèÿ. Íî âñå æàëîáû è çàÿâëåíèÿ, îòìåòèë ãåíåðàë, êàê îêàçàëîñü, - "äåëî ðóê îäíîãî è òîãî æå ëèöà".
 ñâîþ î÷åðåäü, ïðîêóðîð ×å÷íè Âèêòîð Äàõíîâ, îãëàñèâøèé èòîãè ñëåäñòâèÿ, óòâåðæäàë, ÷òî â õîäå ñïåöîïåðàöèè "òåëåñíûå ïîâðåæäåíèÿ ïîëó÷èëè äåñÿòü ìåñòíûõ æèòåëåé" è "åñòü îòäåëüíûå ôàêòû íàíåñåíèÿ ìàòåðèàëüíîãî óùåðáà". Ñàìè æå çà÷èñòêè â Àññèíîâñêîé è Ñåðíîâîäñêå îí ñ÷èòàåò îïðàâäàííûìè è ðåçóëüòàòèâíûìè.
Òåì íå ìåíåå Âëàäèìèð Ìîëòåíñêîé ïîäïèñàë ïðèêàç, â ñîîòâåòñòâèè ñ êîòîðûì îáúÿâèë î "íåïîëíîì ñëóæåáíîì ñîîòâåòñòâèè îäíîãî èç ñâîèõ çàìåñòèòåëåé", à äâóõ äðóãèõ, êóðèðîâàâøèõ ñèëû ÌÂÄ è âíóòðåííèå âîéñêà, îòñòðàíèë îò èñïîëíåíèÿ ñëóæåáíûõ îáÿçàííîñòåé äî çàâåðøåíèÿ ðàññëåäîâàíèÿ âîçáóæäåííûõ äåë. Ïðè ýòîì ôàìèëèè ïðîøòðàôèâøèõñÿ ãåíåðàëîâ è.î. êîìàíäóþùåãî íàçâàòü îòêàçàëñÿ. Âïðî÷åì, ïðåññ-ñåêðåòàðü ìèíèñòðà âíóòðåííèõ äåë ÐÔ Ñåðãåé Îëåéíèê ñðàçó æå îïðîâåðã çàÿâëåíèå Ìîëòåíñêîãî îá îòñòðàíåíèè ãåíåðàëîâ ÌÂÄ. Âèäèìî, ýòî îçíà÷àåò, ÷òî ñâîå ðåøåíèå è.î. êîìàíäóþùåãî ãðóïïèðîâêîé ñ ðóêîâîäñòâîì ïðàâîîõðàíèòåëüíîãî âåäîìñòâà íå ñîãëàñîâàë.
Ñóäÿ ïî ïåðâîé ðåàêöèè íåêîòîðûõ ÷å÷åíñêèõ ÷èíîâíèêîâ, ïðåäâàðèòåëüíûå èòîãè ðàññëåäîâàíèÿ ðóêîâîäñòâî ×å÷íè è íàñåëåíèå âðÿä ëè óñòðîÿò.
Íå â âîñòîðãå îò âåäóùåãîñÿ ðàññëåäîâàíèÿ è ñàìè ó÷àñòíèêè àíòèòåððîðèñòè÷åñêîé îïåðàöèè. Èõ ïîçèöèþ îçâó÷èë áûâøèé êîìàíäóþùèé âíóòðåííèìè âîéñêàìè ãåíåðàë-ïîëêîâíèê Àíàòîëèé Øêèðêî: "Íåóæåëè âû íå âèäèòå, ÷òî ýòî çâåíüÿ îäíîé öåïè - ìèòèíãè â íàñåëåííûõ ïóíêòàõ, ãîëîäîâêè â ëàãåðÿõ áåæåíöåâ, øóìèõà âîêðóã ïðîâåðêè ïàñïîðòíîãî ðåæèìà? Âñå ýòî ïðÿìî èëè êîñâåííî èäåò îò áîåâèêîâ. È âñå ýòî ìîæåò ïðèâåñòè â êîíöå êîíöîâ ê íîâîìó Õàñàâþðòó, êîòîðîãî Ðîññèÿ ïðîñòî íå ïåðåæèâåò".