Óãîëîâíîå ïðåñëåäîâàíèå Ëåáåäåâà íà÷àëîñü åùå â èþëå 2005 ãîäà. Òîãäà îáëàñòíàÿ ïðîêóðàòóðà ïðîâîäèëà â ìýðèè îáûñê â ðàìêàõ ðàññëåäîâàíèÿ äåëà ïåðâîãî çàìãëàâû àäìèíèñòðàöèè Îëåãà Êóäðÿøîâà. Îí ïîäîçðåâàëñÿ â ïðåâûøåíèè äîëæíîñòíûõ ïîëíîìî÷èé. Êîãäà ñëåäîâàòåëè ðåøèëè èçúÿòü ôèíàíñîâóþ äîêóìåíòàöèþ, íà ïóòè ó íèõ âñòàëè ìýð Îëåã Ëåáåäåâ è åãî àäâîêàò Àáäóëëà Ýêàåâ. Îíè çàÿâèëè, ÷òî áóõãàëòåðèÿ ðàñïîëàãàåòñÿ â äðóãîì çäàíèè. Èòîãîì ïåðåïàëêè ñòàëî âîçáóæäåíèå â îòíîøåíèè Ëåáåäåâà óãîëîâíîãî äåëà ïî îáâèíåíèþ â âîñïðåïÿòñòâîâàíèè ïðîèçâîäñòâó ïðåäâàðèòåëüíîãî ðàññëåäîâàíèÿ (ñò. 294 ÓÊ) è ïðèìåíåíèè íàñèëèÿ â îòíîøåíèè ïðåäñòàâèòåëÿ âëàñòè (ñò. 318 ÓÊ). Àäâîêàòó âìåíèëè âîñïðåïÿòñòâîâàíèå îñóùåñòâëåíèþ ïðàâîñóäèÿ. Íî ìåíåå ÷åì ÷åðåç ãîä äåëà â îòíîøåíèè ìýðà è åãî çàìà áûëè ïðåêðàùåíû. Íå ïîâåçëî ëèøü àäâîêàòó Ýêàåâó: îñåíüþ 2006 ãîäà îí ïîëó÷èë 3,5 ãîäà.
 àïðåëå 2008 ãîäà äåëî Ëåáåäåâà âîçîáíîâèëè, à åãî ñàìîãî íåäàâíî îòñòðàíèëè îò äîëæíîñòè.  ìèíóâøóþ ïÿòíèöó íà ïðåäâàðèòåëüíûõ ñëóøàíèÿõ ïðîêóðîð íåîæèäàííî çàÿâèë õîäàòàéñòâî îá àðåñòå. Äåëî â òîì, ÷òî îòñòðàíåííûé ãðàäîíà÷àëüíèê 15 èþëÿ ïîäïèñàë ðåøåíèå ãîðîäñêîé Äóìû î íàçíà÷åíèè âûáîðîâ â íåå è íàçíà÷åíèè ñîñòàâà èçáèðàòåëüíîé êîìèññèè. Îáâèíåíèå ðàñöåíèëî ýòî êàê íåñîáëþäåíèå óñëîâèÿ îá îòñòðàíåíèè îò äîëæíîñòè. Ìýðà àðåñòîâàëè ïðÿìî â çàëå ñóäà. Àäâîêàò Ëåáåäåâà Åâãåíèé Ãîìîí íàçâàë ðåøåíèå ñóäà "àáñîëþòíî íåçàêîííûì", à ñàìî çàñåäàíèå - "öèðêîì".